Le cours magistral traite des points suivants :
- Identification et optimisation de molécules bioactives : définition de la problématique
- Les bases de la reconnaissance moléculaire : aspects thermodynamiques et structuraux
- Evaluation des structures expérimentales de protéines : critères géométriques et énergétiques, résolution des ambiguités.
- Prédiction de l’interaction protéine-ligand : (1) description des sites de liaison, (2) gestion de la flexibilité moléculaire, (3) pharmacophore, (4) docking, et scoring.

Des enseignements dirigés seront réalisés en salle de ressources informatiques.

Ils portent sur : (1) l’analyse d’une structure de protéine de la ProteinDataBank, (2) la préparation d’une structure de protéine pour le drug design, (3) et les principales méthodes de drug design pour l’identification de molécules bioactives (pharmacophore, docking, criblage virtuel)

 

Dans cette UE, l’étudiant approfondit sa compréhension de la reconnaissance moléculaire. Il apprend à exploiter l’information structurale pour prédire l’effet d’une molécule de type médicament sur une protéine cible thérapeutique. Il manipule des concepts et outils utilisés dans l’industrie pharmaceutique pour l’identification et l’optimisation de nouveaux composés bioactifs.

L’étudiant devra être en mesure de :

• Visualiser et interpréter la structure tridimensionnelle d’une protéine
• Identifier et classer par importance les interactions cible thérapeutique / molécule bioactive.
• Préparer une structure issue de la PDB pour des applications en drug design
• Construire et utiliser un pharmacophore
• Exécuter et évaluer un re-docking, un cross-docking
• Réaliser le criblage virtuel d’une chimiothèque par docking ou par l’approche pharmacophore.

Connaissances solides en biochimie structurale (en particulier la structure des protéines).


 

Connaissances des interactions moléculaires non covalentes (liaisons hydrogène, ionique et de Van der Waals).
Notions élémentaires de chimie (nom des fonctions chimiques communes, structure de Lewis, pKa).
Notions de base en modélisation moléculaire (champ de force, minimisation d'énergie).