Génétique moléculaire, génomique, microbiologie

Biologie quantitative de la division cellulaire

Responsable : Gilles Charvin

Étude des mécanismes d'homéostasie de la division cellulaire, en utilisant la levure comme organisme modèle. L'équipe s'intéresse à l'entrée en sénescence réplicative et à la réponse au peroxyde d'hydrogène et utilise des méthodes d'imagerie et de microfluidique.

Adaptations et interactions microbiennes dans l'environnement (AIME)

Responsable : Stéphane Vuilleumier

Étude des mécanismes de dégradation des polluants halogénés et/ou sans liaison carbone-carbone, de l'adaptation cellulaire associée, et de la réponse des communautés microbiennes d'écosystèmes exposés à ces composés. Ces études fondamentales ont des applications potentielles pour la dépollution.

Variation intra-spécifique et évolution des génomes

Responsable : Joseph Schacherer

L'équipe « variation intraspécique et évolution des génomes » réunit des chercheurs ayant une expertise en génomique des populations, génétique, bio-informatique et analyse des données, l'ensemble étant essentiel pour la génération et l’analyse de données de séquençage et de phénotypage à haut débit. L'objectif à long terme du groupe est d'utiliser la génomique fonctionnelle et des populations afin de parvenir à une meilleure compréhension des règles qui régissent la relation génotype-phénotype au sein d'une espèce.

Trafic intracellulaire d'ARN et maladies mitochondriales

Responsables (MITO) : Ivan Tarassov et Alexandre Smirnov

L'équipe vise à décrypter les mécanismes génétiques, cellulaires et moléculaires de communication nucléo-mitochondrial. L'emphase est mise sur les mécanismes d'interaction ARN-protéine dans l'organite et le développement de nouveaux outils de thérapie des pathologies mitochondriales.

Dynamique et plasticité des synthétases

Responsable : Hubert Becker

L'équipe étudie les fonctions non traductionnelles des aminoacyl-ARNt synthétases cytoplasmiques de la levure et des champignons filamenteux. Elle s'intéresse à celles qui participent au dialogue nucléo-mitochondrial et à celles qui sont impliquées dans la modification des lipides membranaires.

• L'équipe dirigée par Stéphane Vuilleumier, a contribué à la mise en place de l'ITI SWITCH labellisé en juillet 2024. L'équipe a accueilli une nouvelle MCF, Catherine Badel-Mélinand, spécialiste de la génomique des Archées, en septembre 2022. L'équipe a découvert la première bactérie capable de se développer avec l'antidiabétique majeur metformine et a caractérisé la nouvelle voie de dégradation impliquée dans ce métabolisme (Microorganisms, 2022).
• Stéphane Vuilleumier a été chair du webinairs en écotoxicologie microbienne de la FEMS (Federation of European Microbiology Societies) en mars 2021 (plus de 350 personnes connectées).
• L'équipe dirigée par Ivan Tarassov et Alexandre Smirnov a été impliquée dans une large étude internationale faisant pour la 1^re fois la démonstration d'une aminoacyl-tRNA synthetase humaine comme acteur essentiel de la résistance des mélanomes au traitement anti-MAPK (Nature Cell Biol 2024). L'équipe a mis au point une méthodologie originale d'analyse des transcriptomes subcellulaires (NAR 2023) et décrit un nouveau facteur d'assemblage du ribosome mitochondrial (NAR 2020). Enfin, elle a participé dans un effort transversal de mise en place d'une nouvelle base de données à vue pédagogique concernant les aminoacyl-tRNA synthetases (IUBMB life 2024).
• 2025, Ludovic Enkler, conférencier invité au EMBO Workshop à San Feliu de Guixols (Espagne) sur la thématique « Lipid droplets in health and disease »
• L'équipe Charvin a publié plusieurs articles dans eLife en tant qu'auteur principal (2018, 2021 et 2022), et d'autres articles en collaboration (EMBO J 2022, eLife 2022, EMBO J 2021, Mol. Cel. 2020, eLife 2021).
• L'équipe Charvin a recruté un nouveau maître de conférences, Anton Zadorin, en juin 2024.
• L'équipe Schacherer a obtenu un financement ERC CoG et un financement NIH R01.
• L'équipe Schacherer a publié plusieurs articles dans des revues prestigieuses (Peter et al. 2018 Nature, O'Donnell et al 2023 Nature Genetics, Caudal et al. 2024 Nature Genetics).

Prix et distinctions

• Gilles Charvin est membre nommé de la section 22 (biologie cellulaire et développement) depuis 2021
• Joseph Schacherer est membre de l’Institut Universitaire de France (IUF)
• Françoise Bringel fait partie du conseil scientifique de l’Institut Biologie du CNRS depuis 2023
• Stéphane Vuilleumier fait partie du conseil scientifique du réseau international en écotoxicologie microbienne ecotoxicoMic depuis sa création en 2014 et du conseil d’administration de l’association francophone d’écologie microbienne AFEM depuis 2022 et du comité de pilotage de l'ITI SWITCH (depuis 2024)
• L’équipe AIME a été lauréate 80|PRIME du CNRS en 2020 avec l’obtention d’un contrat doctoral  pour un projet associant équipes INSB et INSU
• Stéphane Vuilleumier a été lauréat de la fondation SIAM (Soehnghen Institute for Anaerobic Microbiology, Pays Bas) en 2023, avec l’obtention d’une bourse de recherche "visiting scientist"
• Stéphane Vuilleumier et Emilie Muller participent à la rédaction des prospectives de la communauté SIC du CNRS pour la période 2024-2029, et Stéphane Vuilleumier a participé au comité de pilotage du congrès CNRS PFAS qui  s’est tenu à Paris en mars 2024
• Depuis 2023, Emilie Muller fait partie du comité d’animation de le section biotechnologie microbienne de la société française de Microbiologie
• En 2024, sous la coordination de Ivan Tarassov, l'ITI IMCBio+ comprenant 4 Clusters de Recherche et une EUR (plus de 70 équipes des 5 Instituts Strasbourgeois évalué par un jury international et reconduit jusqu'en 2028. En 2020, Alexandre Smirnov est devenu lauréat de l’Université de Strasbourg Institut d’Etudes Avancées (USIAS)