En S1 le séminaire de méthodologie est organisé par période historique au choix de l'étudiant selon son propre sujet de recherche, en histoire antique ou médiévale ou moderne ou contemporaine, avec des heures regroupées en première semaine avant que ne commencent les autres séminaires (2/3 ou 3/4 des heures) et d'autres heures placées plus tard dans le semestre (1/3 ou 1/4 restant). L'étudiant est formé aux outils de la recherche documentaire et doit commencer à définir un sujet et une problématique.

L'étudiant apprend à mener une recherche de façon autonome sous la conduite de son directeur de recherche : construire une problématique et un plan de travail, préparer un plan d'exposition, rassembler et classer des sources et de la documentation, établir la bibliographie et l'exploiter, faire des comptes-rendus de l'état de sa recherche, exposer oralement aussi ses résultats, réagir aux questions et remarques d'un auditoire averti. L'objectif final est la rédaction et la soutenance du mémoire de recherche présenté en S4.