Cette UE présente les outils et méthodes utilisés pour étudier l'écologie des micro-organismes ainsi que leurs applications dans différents contextes d'étude. Des travaux pratiques permettent de mettre en application les méthodes vues en cours. Les thèmes présentés dans l'UE sont :

• la méthylotrophie
• l'écologie des micro-organismes marins
• l'utilisation de la microscopie et des molécules fluorescentes
• l'utilisation des isotopes (Stable Isotope Probing, Compound-Specific Isotope Analysis ...)
• l'étude des communautés microbiennes (diversité, génotypage ...)
• l'analyse et la représentation de données (analyses multivariées)

• Maîtriser les outils d'études des micro-organismes et connaître leurs limites
• Concevoir une expérience permettant de répondre à une question scientifique, prévoir les contrôles et témoins nécessaires
• Analyse de façon critique des résultats d'expérience
• Savoir analyser un article scientifique et le restituer à l'oral
• Savoir choisir et appliquer une méthode d'étude de données adéquate en fonction du type d'information disponible

Les étudiant(e)s voulant suivre cette UE devront avoir suivi au préalable des enseignements en microbiologie et notamment en pratique.