Les projets en Bioinformatique

Bacnet (Vers une nouvelle définition des réseaux de régulation bactériens, de leur composition et de leur dynamique)

Ce projet propose de développer l'étude du transcriptome des procaryotes en utilisant des modèles permettant de prendre en compte la grande quantité de données concernant la synthèse des molécules et de pouvoir ainsi prédire de façon plus précise les propriétés des bactéries. Une plateforme d'analyse de données sera développée afin de pouvoir modéliser les mécanismes de fonctionnement et de propagation des réseaux bactériens. Grâce à la plateforme de modélisation qui sera créé, des données hétérogènes seront agrégées permettant de progresser dans le domaine de la dynamique des réseaux bactériens avec des applications très importantes dans le domaine de la santé. 

Reposant notamment sur l’étude des bactéries pathogènes d'origine alimentaire, ce projet va permettre de progresser dans la connaissance et donc la prévention des maladies microbiennes ainsi que les maladies nosocomiales. Bacnet vise à créer une plateforme nationale de modélisation de systèmes biologiques complexes tirant parti de l'énorme quantité de données transcriptomiques disponibles actuellement et pas suffisamment exploitées. 

L'ambition du projet d'homogénéisation des approches méthodologiques afin d'intégrer, analyser et visualiser les données provenant de sources multiples, va ouvrir un champ d'étude immense. La transcriptomique sera confortée comme approche efficace dans la modélisation des réseaux bactériens et constituera une masse critique importante et compétitive par rapport à la concurrence internationale.

Bip-Bip (Paradigme d'Inference Bayesienne pour la Biologie Structurale in silico)

Ce projet vise à développer une méthodologie multi-échelle pour agréger les données hétérogènes sur les propriétés des protéines (structure, interactions, dynamique…) afin d'accroître la compréhension non seulement au niveau d'une protéine mais également au niveau d'une famille de protéines. L'exploitation d'un formalisme de classification et d'annotation spécifique va permettre de progresser de façon significative dans le domaine de la connaissance et de la compréhension des systèmes biologiques en agrégeant une masse de données hétérogènes importantes. L’impact du projet se situe dans le domaine de la santé avec le développement de nouveaux principes actifs plus efficaces, plus ciblés et aux effets secondaires moins marqués. Le projet va être structurant au niveau national avec la mise en place d'une plateforme de modélisation qui pourra être ensuite réutilisée. Il va également participer à la constitution d'une masse critique dans ce domaine novateur : la biophysique moléculaire au service de la médecine du futur, ce qui va accroître la visibilité internationale de la France.